主角进入研究所时接受了模拟战测试，在结束后因为大脑尚未适应而陷入了昏睡，结果被可说是本作女主角的“玛修”与不明生物“芙芙”所发现，在会见所长“奥尔加玛丽·亚斯密雷特·阿尼姆斯菲亚”后，在主角因为受训还不足而即将被人称魔鬼的所长命令退出时，研究所要员“雷夫”替主角辩护，让他留了下来，其后并且来到医疗区与“罗曼医生”会面，没想到就在此时所内发生了大爆炸。危急状况下系统开始运转，将传送座标设为2004年1月30日的冬木市。在传送发动前主角拼命地寻找生还者，好不容易发现了重伤的玛修，然后两人被传送到了过去，章节开始。
